Ο Βασίλης Νικολαΐδης έχει σκηνοθετήσει 26 έργα όπερας, από τα πλέον σημαντικά στο χώρο του Λυρικού Θεάτρου (όπερες, οπερέτες και μελοδράματα), σε συνεργασία με όλους τους κορυφαίους καλλιτέχνες του είδους.

• Η εύθυμη Χήρα οπερέτα του Φραντς Λέχαρ (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 2015)
• Ναμπούκο όπερα του Τζουζέπε Βέρντι (Ε.Λ.Σ., Ηρώδειο 2011)
• Σκηνές Όπερας αποσπάσματα από όπερες του Βόλφγκανγκ Αμαντέους Μότσαρτ (Στούντιο Ε.Λ.Σ. 2010)
• Άννα Μπολένα όπερα του Γκαετάνο Ντονιτσέττι (Ε.Λ.Σ. 2008)
• Σκηνές Όπερας αποσπάσματα από όπερες με τους υποτρόφους του Μεγάρου (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 2008)
• Τροβατόρε όπερα του Τζουζέπε Βέρντι (Ε.Λ.Σ. 2003)
• Κάρμεν όπερα του Ζωρζ Μπιζέ (Ε.Λ.Σ. 2002)
• Άννα Μπολένα όπερα του Γκαετάνο Ντονιτσέττι (Ε.Λ.Σ. 2000)
• Αντιγόνη όπερα του Μίκη Θεοδωράκη (α’ παρουσίαση, Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 1999)
• Τα παραμύθια του Χόφμαν όπερα του Ζακ Όφενμπαχ (Ε.Λ.Σ. 1998)
• Καβαλερία Ρουστικάνα όπερα του Πιέτρο Μασκάνι (Ε.Λ.Σ. 1998, 2004)
• Μαντάμ Μπατερφλάι όπερα του Τζάκομο Πουτσίνι (Tennessee, U.S.A. 1997)
• Η όπερα του ζητιάνου του John Gay (Στούντιο Ε.Λ.Σ. και Μουσικό Θέατρο Βόλου 1997)
• Τα επτά θανάσιμα αμαρτήματα όπερα-μπαλέτο των Κουρτ Βάιλ - Μπέρτολτ Μπρεχτ (Ε.Λ.Σ. 1996)
• Διδώ και Αινείας όπερα του Χένρυ Πέρσελ (Μακεδονική Καλλιτεχνική Εταιρεία «Τέχνη», Θεσσαλονίκη 1995)
• Τραβιάτα όπερα του Τζουζέπε Βέρντι (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 1995)
• Βαφτιστικός οπερέτα του Θεόφραστου Σακελλαρίδη (Ε.Λ.Σ. 1994)
• Ανθρώπινη φωνή όπερα του Φρανσίς Πουλένκ (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 1994)
• Μανουέλ Σαλίνας όπερα του Περικλή Κούκου (α’ παρουσίαση, Φεστιβάλ Αθηνών, Ηρώδειο 1994)
• Χορός Μεταμφιεσμένων όπερα του Τζουζέπε Βέρντι (Ε.Λ.Σ. 1993)
• Η Αριάδνη στη Νάξο μελόδραμα του Γκέοργκ Μπέντα (α’ παρουσίαση, Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 1993)
• Επίλογος Β' μονόδραμα του Αργύρη Κουνάδη (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 1992)
• Αντριάνα Λεκουβρέρ όπερα του Φραντσέσκο Τσιλέα (Ε.Λ.Σ. 1992, 1998)
• Ο Γυρισμός όπερα του Αργύρη Κουνάδη (α’ παρουσίαση, Ε.Λ.Σ. 1991, 1998)
• Κασσάνδρα όπερα του Νίκολας Ζούμπρο (Αετοπούλειο Χαλανδρίου, Θέατρο Ρεματιάς 1990)
• Ερωτόκριτος και Αρετούσα όπερα του Νίκου Μαμαγκάκη (α’ παρουσίαση, Κρήτη - Αθήνα, Ρωμαϊκή Αγορά 1985)