Ο Βασίλης Νικολαΐδης έχει σκηνοθετήσει πάνω από 65 θεατρικές παραστάσεις, σε πολυάριθμες συνεργασίες με όλους τους κορυφαίους καλλιτέχνες του ελληνικού θεάτρου, ηθοποιούς, σκηνογράφους, χορογράφους, ενδυματολόγους και μουσικούς.

• Αλίμονο στους νέους των Αλέκου Σακελλάριου - Χρήστου Γιαννακόπουλου (Θέατρο Coronet 2019)
• Πέερ Γκύντ των Έντβαρντ Γκρηγκ - Χένρικ Ίψεν (Δήμος Αθηναίων, Θέατρο Ολύμπια 2019)
• Όνειρο Καλοκαιρινής Νύχτας των Φέλιξ Μέντελσον - Ουίλλιαμ Σαίξπηρ (Δήμος Αθηναίων, Θέατρο Ολύμπια 2018-2019)
• Ο Φιάκας του Δημήτρη Μισιτζή (Θέατρο Φούρνος 2018)
• Μια φωνή κι ένα ψέμα μονόλογος του Γιώργου Ξενία, βασισμένος σε μια ιδέα του Βασίλη Νικολαΐδη που παντρεύει τον «Έμπορο της Βενετίας» του Ουίλλιαμ Σαίξπηρ με την «Ανθρώπινη Φωνή» του Ζαν Κοκτώ (Θέατρο Αλκμήνη 2017)
• Δύσκολοι Έρωτες κείμενα των Αριστοφάνη, Τεννεσί Ουίλλιαμς, Ζαν Κοκτώ, Ράινερ Βέρνερ Φασμπίντερ, Μπέρτολτ Μπρεχτ κ.ά. (Θέατρο Έναστρον 2017)
• Ο Γενικός Γραμματέας του Ηλία Καπετανάκη (Θ.Ο.Κ. Λευκωσία 2016)
• Οι τρεις σωματοφύλακες από το έργο του Αλέξανδρου Δουμά (Θέατρο Ακροπόλ 2016)
• Ισμήνη ποιητικός μονόλογος του Γιάννη Ρίτσου (Θέατρο Φούρνος 2016, 2019)
• Μια υπέροχη Κυριακή για εκδρομή του Τεννεσί Ουίλλιαμς (Θέατρο Φούρνος 2015-2016)
• Εταιρικοί διάλογοι του Λουκιανού (Θέατρο Έναστρον 2015-2016)
• H τελευταία μαγνητοταινία του Κραπ μονόλογος του Σάμιουελ Μπέκετ (Ίδρυμα Κακογιάννη 2014-2015)
• La strada των Tullio Pinelli - Federico Fellini (Θέατρο Victoria 2014-2015)
• Το γλυκό πουλί της νιότης του Τεννεσί Ουίλλιαμς (Κ.Θ.Β.Ε. 2014)
• Μια ξεχωριστή μέρα του Έττορε Σκόλα (Θέατρο Skrow 2013-2014)
• Ελάτε σ’ εμάς για έναν καφέ του Πιέρο Κιάρα (Θέατρο Θεμέλιο και Θέατρο Φούρνος 2012-2016)
• Τρωάδες του Ευριπίδη (Θέατρο Altera Pars 2012)
• Λεωφορείον ο Πόθος του Τεννεσί Ουίλιαμς (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Πάτρας 2010-2011)
• Σελεστίνα του Φερνάντο Ντε Ρόχας (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 2007)
• Το χρονικόν της αλώσεως ορατόριο-δρώμενο του Γιώργου Χατζηνάσιου (Αρχαιολογικός Χώρος Μυστρά 2007)
• Ο Επιθεωρητής του Νικολάι Γκόγκολ (Κ.Θ.Β.Ε. 2007)
• Ουκ επιθυμήσεις τη γυναίκα του πλησίον σου (10 Εντολές) μονόπρακτο βασισμένο στις Δέκα Εντολές (Πειραματική Σκηνή Εθνικού Θεάτρου 2006)
• Η Αγνή του Θεού του Τζον Πιλμέιερ (Θέατρο Τέχνης 2006)
• Οπερέτα θεατρικό έργο του Βίτολντ Γκομπρόβιτς (Κ.Θ.Β.Ε. 2005)
• Ερωφίλη του Γεωργίου Χορτάτση (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Κρήτης 2005)
• Αυτοκράτωρ Μιχαήλ του Άγγελου Τερζάκη (Κ.Θ.Β.Ε. 2004)
• Ιππόλυτος του Ευρυπίδη, με την «ιστορική» μουσική του Δημήτρη Μητρόπουλου (Εθνικό Θέατρο, Επίδαυρος 2004)
• Ο ήχος του όπλου της Λούλας Αναγνωστάκη (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Αγρινίου 2003)
• Ο κατά φαντασίαν ασθενής του Μολιέρου (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Κρήτης 2003)
• Φλαντρώ του Παντελή Χορν (Θέατρο ΤΣΗ Ζάκυθος 2003)
• Πέερ Γκυντ του Χένρικ Ίψεν (Εθνικό Θέατρο 2002)
• Ερωτόκριτος του Βιτσέντζου Κορνάρου (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Κρήτης 2002)
• Φαίδρα ποιητικός μονόλογος του Γιάννη Ρίτσου (Μέγαρο Μουσικής Αθηνών 2002)
• Βάκχες του Ευριπίδη (Θεσσαλικό Θέατρο 2001)
• Άδεια ποδηλάτου μουσική παράσταση (Καφωδείον Εναλλάξ 2001)
• Ταρτούφος του Μολιέρου (Θέατρο Πόρτα 2000)
• Ειρήνη του Αριστοφάνη (Εθνικό Θέατρο, Επίδαυρος 2000) Βραβείο Σκηνοθεσίας «Κάρολος Κουν»
• Περιμένοντας τον Γκοντό του Σάμιουελ Μπέκετ (Θίασος Commedia 2000)
• Το χειμωνιάτικο παραμύθι του Ουίλλιαμ Σαίξπηρ (Θεσσαλικό Θέατρο 1999)
• Ο Θείος Βάνιας του Άντον Τσέχωφ (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Ιωαννίνων 1999)
• Η τύχη της Μαρούλας κι ο Μπαρμπαλινάρδος συρραφή 2 κωμειδυλλίων των Δημητρίου Κορομηλά - Δημητρίου Κόκκου (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Κοζάνης 1998) Βραβείο Ένωσης Κριτικών
• Λα Νόννα του Ρομπέρτο Κόσσα (Θίασος Commedia 1998)
• Βlοοd Brothers μιούζικαλ του Γουίλι Ράσελ (Θέατρο Μπρόντγουεϊ 1997)
• Δον Ζουάν του Μολιέρου (Παλιό Πανεπιστήμιο 1997)
• Στέλλα Βιολάντη του Γρηγορίου Ξενόπουλου (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Ιωαννίνων 1996-1997)
• Ο βασιλιάς Γκόρντογκαν του Ραντοβάν Ίβσικ (Αετοπούλειο Χαλανδρίου, Θέατρο Ρεματιάς 1996)
• Το τραγούδι του αιώνα μιούζικαλ του Δημήτρη Μαραγκόπουλου (Μουσικό Θέατρο Βόλου 1996)
• Μίλα μου σαν τη βροχή, δεσποινίς Άλμα καφέ-θέατρο βασισμένο σε κείμενα του Τεννεσί Ουίλιαμς (Καφέ Παράσταση 1996)
• Ο Γενικός Γραμματέας του Ηλία Καπετανάκη (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Ιωαννίνων 1995)
• Φιλουμένα Μαρτουράνο του Εντουάρντο Ντε Φιλίππο (ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Βόλου 1994)
• Η ώρα του λύγκα του Περ Όλοβ Ένκβιστ (Θέατρο Αμόρε 1993)
• Δύσκολοι Έρωτες καφέ-θέατρο με τον μονόλογο του Ζαν Κοκτώ «Ο ωραίος αδιάφορος» και τραγούδια στο ίδιο θέμα (Γκαλερί Εύμαρος 1990)
• Το φάντασμα της Αυγής του Γιώργου Ξενία (Θέατρο Αμόρε 1987)