Ο Βασίλης Νικολαΐδης από το 1988 άρχισε να σκηνοθετεί στο ραδιόφωνο. Συνεργάστηκε με μεγάλους ηθοποιούς της πιο παλιάς γενιάς, όπως η Μαίρη Αρώνη, ο Νίκος Τζόγιας, η Μαρία Αλκαίου κ.ά., αλλά και με νεώτερους, όπως η Ρένη Πιττακή, η Λυδία Κονιόρδου, η Λυδία Φωτοπούλου, ο Γιάννης Μπέζος, ο Γιώργος Παρτσαλάκης, ο Δημήτρης Καταλειφός, ο Κωνσταντίνος Μαρκουλάκης, η Ελένη Κοκκίδου κ.ά.
Επίσης, εργάστηκε ως παραγωγός μουσικών εκπομπών στο Τρίτο Πρόγραμμα και στο Τέταρτο Πρόγραμμα της ΕΡΤ από το 1984 έως το 2006 και ως μουσικός παραγωγός στην ΕΡΤ2 και στον 9,84.

Έργα που έχει σκηνοθετήσει ο Βασίλης Νικολαΐδης για το ραδιόφωνο:

• Το ταξίδι του κυρίου Περισσόν του Εζέν Λαμπίς (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1994)
• Ο βασιληάς Ουμπού του Αλφρέντ Ζαρρύ (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1991)
• Μαριάννα Πινέδα του Φεδερίκο Γκαρθία Λόρκα (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1990)
• Τριαντάφυλλο στο στήθος του Τεννεσί Ουίλλιαμς (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989)
• Σάρα Μπερνάρ, γέλιο χωρίς τελειωμό ραδιοφωνική σειρά 15 επεισοδίων για τη ζωή της Σάρας Μπερνάρ, βασισμένη στο ομώνυμο βιβλίο της Φρανσουάζ Σαγκάν (Β' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989)
• Γέρμα του Φεδερίκο Γκαρθία Λόρκα (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989)
• Φιλουμένα Μαρτουράνο του Εντουάρντο Ντε Φιλίππο (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989)
• Δύσκολοι έρωτες σύνθεση των μονοπράκτων Η πιο δυνατή του Άουγκουστ Στρίντμπεργκ, Χαιρετισμούς από την Μπέρτα του Τεννεσί Ουίλλιαμς, Ο ωραίος αδιάφορος και Σχολείο για χήρες του Ζαν Κοκτώ, με γενικό τίτλο Δύσκολοι έρωτες (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1988-1989)
• Ο βασιλιάς Γκόρντογκαν του Ράντοβαν Ίβσικ (Α' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1988)

Ραδιοφωνικές εκπομπές του Βασίλη Νικολαΐδη:

• Βραδιά όπερας
  Εβδομαδιαία τρίωρη εκπομπή που παρουσίαζε τα σημαντικότερα έργα του λυρικού θεάτρου (Γ' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989-1994)
• Μικρά λυρικά πορτραίτα
  Σειρά 10 εβδομαδιαίων ωριαίων εκπομπών με θέμα διάσημους τραγουδιστές της όπερας (Γ΄ Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1989)
• Μουσική χωρίς εικόνα
  Σειρά εβδομαδιαίων ωριαίων εκπομπών με θέμα τη μουσική και τα τραγούδια που γράφτηκαν για τον κινηματογράφο (Δ' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1985-1988)
• Μουσικές εξαίσιες ενός αόρατου Θιάσου
  Σειρά εβδομαδιαίων ωριαίων εκπομπών που παρουσιάζει το Ελληνικό θέαμα, τους δημιουργούς και τη μουσική τους (Γ΄ Πρόγραμμα ΕΡΤ, από το 1984)
• Το λυκόφως των Θεών
  Σειρά εβδομαδιαίων ωριαίων εκπομπών με θέμα το έργο του Βισκόντι (Γ' Πρόγραμμα ΕΡΤ, 1984)